1968 yılında Nevşehir ilinde doğdu. İlk ve ortaöğrenimini Kayseri’ de tamamlayarak 1983 yılında Ankara Polis Koleji Sınavını kazandı. 1987 yılında Polis Akademisi’ne girdi ve 1991 yılında mezun oldu.

1991 yılında İstanbul Emniyet Müdürlüğü’nde Komiser Yardımcısı olarak göreve başladı. Sırasıyla İstanbul, Yalova, Batman, Kırşehir, Sakarya ve Adana illerinde görev yaptı. 2001-2002 yılları arasında BM Polis Barış Gücü’nde (Doğu Timor) , 2005-2006 yılları arasında da Kosova’da BM Polis gücünde görev aldı.

İstanbul Üniversitesi Adli Tıp Enstitüsü Yüksek Lisans programından mezun olan ÇALIŞKAN, Sakarya Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü'nde de doktorasını tamamladı.

17-25 Aralık darbe girişiminin hemen ardından 2014 yılı Ocak ayında İstanbul Emniyet Müdürlüğü Terörle Mücadele Şubesinden sorumlu İl Emniyet Müdür Yardımcısı olarak atanan Dr. Mustafa ÇALIŞKAN, 2015 Eylül ayından beri İstanbul Emniyet Müdürü olarak görev yapmaktadır.

Dr. Mustafa ÇALIŞKAN 21.11.2018 Tarihinde Bilişim Zirvesi 2018 Ödül Töreninde kendisine ait olan “METE” isimli proje ile “Yılın Teknoloji Kaptanı” Ödülüne,27.04.2017 Tarihinde Türk Emniyet Teşkilatı Şehitleri, Malulleri Dul ve Yetimleri Eğitim Yardım Vakfı TEYEV ‘in 35. Geleneksel Balosu’nda 15 Temmuz gecesi gösterdiği gayret ve azim sebebiyle “Yılın Polisi” Ödülüne ve 25.03.2018 Tarihinde Haliç Üniversitesi Gönüllülük Kulübü'nün 2017’ye damgasını vuran en etkili şahsiyetler Ödül töreninde '”2017 Kamu Güvenliği Alanında Yılın En Başarılı Yöneticisi” Ödülüne layık görülmüştür.

“15 Temmuz Kıyamet Gecesi ve Milli Vuruş” ve “Madde Bağımlılığının Biyo-Psiko-Sosyal ve Hukuksal Analizi” isimli kitapları bulunan Dr. Mustafa ÇALIŞKAN’ın ayrıca çok sayıda ulusal ve uluslararası çapta yayınlanmış makaleleri de bulunmaktadır.

İyi derece ingilizce bilen Dr. Mustafa ÇALIŞKAN, evli ve 2 çocuk babasıdır.